Kukmirn wird erstmals 1185 in einer Urkunde einer Grenzbeschreibung des Klostergutes Güssing gegen Medusbach (Dobersdorf) und Witin (Fedenberg – heute eine Riedbezeichnung) urkundlich erwähnt.

Die Herkunft des Ortsnamens ist nicht bekannt. Die Deutungen reichen vom wildwachsenden Kürbis („Cucurbita“) über die Abstammung von einem ungarischen Adelsgeschlecht („blauer Herzog“) bis hin zu einem Hinweis auf die Kultur der Kelten. Der Ortsname „Kukmirn” ist einzigartig in ganz Österreich und darüber hinaus.

Der Ort gehörte wie das gesamte Burgenland bis 1920/21 zu Ungarn (Deutsch-Westungarn). Seit 1898 musste aufgrund der Magyarisierungspolitik der Regierung in Budapest der ungarische Ortsname Hárspatak verwendet werden. Nach Ende des ersten Weltkriegs wurde nach zähen Verhandlungen Deutsch-Westungarn in den Verträgen von St. Germain und Trianon 1919 Österreich zugesprochen. Der Ort gehört seit 1921 zum neu gegründeten Bundesland Burgenland.

Im Zuge des Gemeindestrukturverbesserungsgesetzes vom 1. September 1970 wurden per 1. Jänner 1971 die davor selbständigen Gemeinden Eisenhüttl, Kukmirn, Limbach und Neusiedl bei Güssing zur Großgemeinde Kukmirn zusammengeschlossen. 1982 erhielt die Gemeinde Kukmirn das Marktrecht verliehen.

Ortsteile
Die heutigen Ortsteile sind geschichtlich etwas jünger.

Eisenhüttl (Jezerjani) wurde zur Zeit der Türkenkriege mit kroatisch-stämmiger Bevölkerung besiedelt. Der erste Nachweis findet sich in einem Urbar aus dem Jahre 1576. Die Ortsbevölkerung war noch in der Zwischenkriegszeit überwiegend kroatischsprachig. Seit der Nachkriegszeit ist der Anteil der kroatischen Volksgruppe stark rückläufig.

Limbach (Hárspatak) wurde urkundlich zum erstenmal in der Kukmirner Grenzbeschreibung des Nikolaus Herzog im Jahre 1346 unter dem Namen Liba erwähnt.

Neusiedl bei Güssing (Felsöujlak) wurde im Jahre 1455 in einer Schenkungsurkunde des Königs Ladislaus V. an Andreas Paumkircher (Gutsherr von Schlaining) erstmalig erwähnt.

Amerikawanderung:
Ab 1888 (beginnend in Limbach) wanderten wegen der wirtschaftlichen Probleme der Region viele nach Amerika aus. Pennsylvania, aber auch Detroit, Kanada und Südamerika waren Ziele der Auswanderer, die um die Jahrhundertwende 1900 ihren Höhepunkt erreichte. 1903 hatte Kukmirn durch diese Abwanderung rund 10% seiner Bevölkerung verloren. 1930 lebten rund 950 Kukmirner/Innen in Amerika.

Viele kehrten auch wieder zurück und wurden in der alten Heimat angesehene Bürger. Der verstorbene Altbürgermeister Richard Zotter, geb. 1930 in Avellaneda in Südamerika war von 1971 bis 1986 Bürgermeister und Ehrenbürger Reinhold Fiedler, von 1960 bis 1967 in Montreal beheimatet, war von 1986 bis 2007 Bürgermeister.